Die Anstaltsleitung ist der erste und unmittelbare AnsprechpartnerIn für die Gefängnisseelsorge. Durch die explizite Sonderstellung des Fachdienstes „Seelsorge“ ist sie im Organigramm direkt neben der Leitung angesiedelt. Je nachdem ob ein GefängnisseelsorgerIn verbeamtet oder in Gestellungsvertrag angestellt ist, trägt die Leitung einer JVA die Dienstaufsicht. Seelsorgerliches Arbeiten sowie die Achtung von Sicherheit und Ordnung geschieht im gegenseitigen Vertrauen zueinander.
Eine Loyalitätspflicht gegenüber dem staatlichen Anstaltszweck obliegt jedem AnstaltsseelsorgerIn, unabhängig von der Form der Ausgestaltung seines dienstrechtlichen Status. Staatlich-kirchliche Vereinbarungen über den Status der AnstaltsseelsorgerIn legen fest, dass Gefängnisseelsorge in Fragen des Strafvollzugs der Aufsicht des Staates unterliegt, aber fachlich jedoch bei der kirchlichen Aufsicht und Visitation bleibt. In den Bundesländern regeln Dienstordnungen das dienstrechtliche Verhältnis zwischen dem Land und den Kirchen.
Die unabhängige Stellung des Gefängnisseelsorgers zeigt sich darin, dass die Kirche für alle in ihrem Auftrag im Gefängnis tätigen Seelsorger das Seelsorgegeheimnis beansprucht. Gemäß §§ 53 Abs 1 Nr. 1, 53 a StPO haben Geistliche und ihre Berufshelfer im strafrechtlichen Verfahren ein Zeugnisverweigerungsrecht über das, was ihnen in ihrer Eigenschaft als Seelsorger und im Rahmen eines seelsorgerischen Gesprächs anvertraut worden oder bekannt geworden ist (vgl. a. § 383 Abs. 1 Nr. 4 ZPO im Zivilprozess). Ferner erkennt § 139 Abs. 2 StGB für Geistliche den Vorrang des Seelsorge- und Beichtgeheimnisses vor der Anzeigepflicht geplanter Straftaten nach § 138 StGB an.
Für ein Gelingen der Behandlungsarbeit ist die Mitwirkung aller Berufsgruppen unverzichtbar. Intern prägen neben den in Führungspositionen verantwortlichen JuristInnen, PsychologInnen, ÄrztInnen, MitarbeiterInnen des Sozialdienstes, PädagogInnen, SeelsorgerInnen verschiedener Konfessionen, MitarbeiterInnen des gehobenen Vollzugs- und Verwaltungsdienstes sowie die im Übrigen in der Verwaltung eingesetzten Kräfte die Arbeit in der Vollzugspraxis.
