Die Jahreszahl des gregorianischen Kalenders springt auf 2000 und es beginnt gleichzeitig das 21. Jahrhundert und das 3. Jahrtausend. In den 2000er Jahren wurden ältere Justizvollzugsanstalten, die sich vor allem im Innenstadtbereich stehen, aufgegeben. Neue moderne Gebäude sind auf freier Fläche oft außerhalb der Stadt gebaut und in Betrieb genommen worden. 2002 wurde auf dem Gelände eines ehemaligen DDR Gefängnisses zwischen Halle/Saale und Leipzig die neue Jugendanstalt (JA) Rassnitz errichtet. In Arnstadt baute das Land Thüringen die neue Jugendstrafanstalt (JSA) 2014. In Düsseldorf ging die neue Anstalt in Ratingen 2012 ans Netz.
Auf dem 14 Hektar großen Grundstück am Rande von Münster-Wolbeck im Osten der Stadt laufen archäologische Bodenuntersuchungen. Die alte Justizvollzugsanstalt in der Stadtmitte musste wegen Einsturzgefahr 2017 teilweise geräumt werden. Die neue Anstalt im Grünen soll 2025 in Betrieb gehen. An anderen Orten regt sich massiver Widerstand seitens der Bevölkerung. So wurde in Baden-Württemberg der bereits festgelegte Standort einer neuen JVA Rottweil wieder verworfen und an einem anderen Ort mitten im Naturschutzgebiet geplant. Der Landesrechnungshof hatte 2018 darauf hingewiesen, dass in Rottweil wohl die bundesweit teuerste JVA entstehen werde: Nach der bisherigen Kostenermittlung – Stand 2021 – wird der Bau 280 Millionen Euro kosten, das sind 20 % mehr mehr als der ursprüngliche Kostenrahmen.
Die Neubauten haben den Vorteil, dass sie besser konzipiert sind und sich nach heutigen Gegebenheiten orientieren. Kritik kommt von Bürgerinitiativen, die meinen, für Straftäter würde ein Luxushotel gebaut. Die JVA Regis-Breitingen in Sachsen hätte beispielweise eine weitaus bessere Sporthalle als die kleine Gemeinde vor Ort. Der Nachteil von JVA-Neubauten ist vor allem, dass die Einrichtungen weit außerhalb von Orts- und Stadtzentren liegen. Manch neues Gefängnis wird als kalt beschreiben. Zudem sind die Sicherheitsvorkehrungen weit aus höher angesetzt als in älteren Gefängnisbauten.
Neue Strafvollzugsgesetze der Länder
Das Strafvollzugsgesetz (StVollzG) ist ein deutsches Bundesgesetz, das seit 1977 den Vollzug der Freiheitsstrafe Erwachsener in Justizvollzugsanstalten und der freiheitsentziehenden Maßregeln der Besserung und Sicherung regelt (§ 1 StVollzG). Das StVollzG wurde am 16. März 1976 erlassen und trat am 1. Januar 1977 in Kraft, nachdem das Bundesverfassungsgericht im Strafgefangenen-Urteil eine gesetzliche Regelung des Strafvollzuges angemahnt hatte. Seit die Gesetzgebungskompetenz für den Strafvollzug im Rahmen der Föderalismusreform mit Wirkung zum 1. September 2006 vom Bund auf die Länder übergegangen ist, gilt das StVollzG gem. Art. 125a Abs. 1 GG als Bundesrecht weiter, kann aber durch Landesrecht ersetzt werden. Von dieser Möglichkeit haben die Landesgesetzgeber sukzessive Gebrauch gemacht. So entstand ein "Flickenteppich" aus einzelnen Strafvollzugsgesetzen der 16 Bundesländer.