Im Oktober 2017 gründete sich aus der Personenkörperschaft “Konferenz der Katholischen Seelsorge bei den Justizvollzugsanstalten in der Bundesrepublik Deutschland” der eingetragene, gemeinnützige und kanonische Verein mit dem Namen “Katholische Gefängnisseelsorge in Deutschland e.V.” In frühen Jahren lautete die Bezeichnung “Konferenz der katholischen Geistlichen im Strafvollzug.”
Der Verein setzt sich aus MitgliederInnen zusammen, die im hauptberuflichen Dienst als GefängnisseelsorgerIn in ihrem Bistum stehen und dem Verein per schriftlicher Erklärung beigetreten sind. Der bundesweite Zusammenschluss besteht nicht aus Delegierten, sondern jede/r einzelne MitarbeiterIn vor Ort kann partizipieren und die Fort- und Ausbildungsangebote nutzen.
Die Deutsche Bischofskonferenz begleitet mit der Pastoralkommission die Anliegen der Gefängnisseelsorge und die Arbeit des Vereines. Es kann jede und jeder im Dienst befindliche hauptberufliche SeelsorgerIn und andere Interessierte durch Beitrittserklärung Mitglied des Vereines werden. Die Organe des Vereines sind der Vorstand, der Beirat und die Mitgliederversammlung. Der Beirat besteht aus VertreterInnen der Regionen in den Ländern, Diözesen und (Erz-)Bistümern in Deutschland und den Beauftragten für besondere Arbeitsbereiche. Die Seelsorge in den Justizvollzugsanstalten wird auf Diözesan- und Bistumsebene geregelt. Staatliche Ansprechpartner sind die Justizministerien der Länder. Neben den Katholischen Büros sind Diözesanbeauftragte, SprecherInnen oder Dekane an der Schnittstelle zwischen MitarbeiterInnen, Bistum und dem Land tätig.