Neben dem Langzeitprojekt “Ethik im Justizvollzug” arbeitet die Gefängnisseelsorge in projektbezogenen und ökumenischen Arbeitsgruppen. In den Justizvollzugsanstalten vor Ort werden regelmäßig Projekte von der Gefängnisseelsorge in Kooperation geplant und durchgeführt. Dazu gehören Ausstellungen, Gesprächsrunden, Theater, Fortbildung für Bedienstete oder Musikveranstaltungen.
Der Verein finanziert Projekte auf Spendenbasis und den Beiträgen der MitgliederInnen. Desweiteren trägt sich der Verein finanziell aus Bewilligungen von Förderanträgen der Deutschen Bischofskonferenz sowie anderen Förderinitiativen. Eine prozentuale Freistellung für das Amt des Vorsitzenden seitens des Heimatbistums gehört zur Mitfinanzierung. Alle anderen Dienste für den Verein und für die Projektarbeit werden ehrenamtlich getragen. Diözesen und Bistümer unterstützen die Arbeit und Projekte der GefängnisseelsorgerInnen auf Bundesebene. Sie profitieren von der professionellen Ausbildung ihrer MitarbeiterInnen im Justizvollzug.