Der Vorstand der Katholischen Gefängnisseelsorge in Deutschland e.V. pflegt den Austausch und die Kontakte zur Evangelischen Gefängnisseelsorge, der Bundesvereinigung der AnstaltsleiterInnen (bvaj), dem Katholischen Büro in Berlin und der Deutschen Bischofskonferenz. Die fünf VorstandmitgliederIn leiten den Verein und bereiten die Studientagungen zusammen mit den jeweiligen Regionen vor. Der Vorstand wird mit den BeiratsmitgliederInnen erweitert.
Die für vier Jahre gewählten Vorstandsmitglieder (Vorsitzender, zwei Stellvertreter, Schatzmeister und Schriftführerin) führen repräsentative und leitende Funktionen für den gemeinnützigen Verein aus, verwalten die Finanzen und arbeiten mit der Geschäftsstelle in Sögel (Niedersachsen) zusammen. Der Vorsitzende wird mit 30 % Arbeitspensum seitens der Deutschen Bischofskonferenz und den Mitgliedsbeiträgen finanziert. Mit den Aufgaben in der Justizvollzugsanstalt vor Ort ist der Vorsitzende entsprechend freigestellt. Alle anderen Vorstandstätigkeiten erfolgen ehrenamtlich. Der Vereinssitz ist Bonn.