Geschichtlich ist die Gefängnisseelsorge weitestgehend ein unerforschtes Gebiet. Es gibt zwei ältere Arbeiten zur evangelischen Gefängnisseelsorge in der Weimarer Republik und im Nationalsozialismus. Eine Arbeit zu deren Geschichte in ganz Deutschland steht noch aus. In der Weimarer Republik gab es bereits „Anstaltsgeistliche“, die in der preußischen Justizreform ihre Rolle in der geistlichen Erziehung spielten.
Die ehemalige Vereinigung der „Konferenz der Katholischen Geistlichen“ in den Gefängnissen geht auf eine Initiative eines Gefängnispfarrers in den zwanziger Jahre des letzten Jahrhunderts zurück. Aus bescheidenen Anfängen entwickelte sich bald der „Verband der Katholischen Gefängnisgeistlichen“. Im Jahr 1953 ist der erste Bundeszusammenschluss der Straffälligenhilfe gegründet worden. Von den 35 Verbänden ist die Konferenz der Katholischen Geistlichen im Strafvollzug maßgeblich eine der Mitbegründer. In deren „Mitteilungen“ von 1978 ist das 25 jährige Jubiläum hierzu im Rechenschaftsbericht des damaligen Vorstandes erwähnt. Später wurde aus der Geistlichen-Konferenz die Personenkörperschaft „Konferenz der Katholischen Seelsorge bei den Justizvollzugsanstalten in der Bundesrepublik Deutschland“.
Die Regierung der DDR wollte den Zugang von Seelsorgern in den Strafvollzug weitestgehend gering halten. Um aber nach außen hin sagen zu können, dass die Seelsorge gewährleistet sei, warb sie zu Beginn der 1950er Jahre drei „fortschrittliche“, also linientreue Pastoren von der evangelischen Kirche ab und stellte sie in den Staatsdienst ein.
Bericht der Seelsorge im Jahresbericht der Anstaltsleitung der JVA Rockenberg 1975, S. 28 - 32
Im 71-seitigen Jahresbericht des damaligen Anstaltsleiters der Justizvollzugsanstalt Rockenberg in Hessen aus dem Jahre 1975 haben die "Anstaltsgeistlichen" der beiden Konfessionen zur Seelsorge folgendes geschrieben:
"Im Jahre 1975 habe ich im Rahmen der Arbeit insgesamt 53 Ausführungen mit zusammen 179 Jugendlichen durchgeführt. Es ist meines Erachtens nicht richtig, die Beteiligung von jugendlichen an derartigen Veranstaltungen nur unter dem Gesichtspunkt der Vergünstigung zu zu sehen. [...] Es ist zu 5 Entweichungen gekommen. Drei der Jugendlichen haben kurze Zeit später mir mir Verbindung aufgenommen und sich selbst wieder in der JVA gestellt. Straftaten sind von keinem der entwichenen Jugendlichen bekannt geworden."
Pfarrer Otto Seesemann evang.
"Spürbar verliert in unserer Kultur der christliche Glaube an gesellschaftlicher Prägekraft; immer mehr Menschen handeln, als ob es Gott nicht gäbe. Dies macht sich in den Anstalten deutlich bemerkbar. [...] Ein besonderer Akzent legte ich auf Einzelgespräche. Gerade die Situation der Inhaftierung, das Erlebnis des Scheiterns im Leben erfordert den Jugendlichen zur Frage nach dem Sinn des Lebens heraus."
Pfarrer Alois Degen kath.
Der bundesweite und überdiözesane Zusammenschluss als eingetragener und kirchlicher Verein zählt heute von über 300 tätigen GefängnissseelsorgerInnen aus allen kirchlichen Berufsgruppen etwa 170 MitgliederInnen, die in den Justizvollzugsanstalten (JVA), Justizvollzugskrankenhäusern (JVK), Jugend(straf)- und Arrestanstalten (JA, JAA, JSA), der Sicherungsverwahrung (SV) und im Abschiebegewahrsam in Deutschland ihren Dienst tun. Der Maßregelvollzug ist überwiegend der Krankenhausseelsorge zugeordnet..
