Die Gefängnisseelsorge steht Gefangenen wie auch Bediensteten zur Verfügung. Die Arbeit ist geprägt durch das Seelsorge- bzw. Beichtgeheimnis sowie des Zeugnisverweigerungsrechts vor Gericht (§ 53 StGB / § 139 StGB). Die Gefängnisseelsorge beteiligt sich am gesellschaftlichen Diskurs über den Strafvollzug und setzt sich mit Grenzsituationen auseinander.

Gefängnisseelsorge engagiert sich überkonfessionell und arbeitet religionssensibel. Sie setzt sich konstruktiv kritisch gegenüber Kirche und Staat ein und vermittelt bei Konflikten. Sie ermöglicht einen Freiraum des Vertrauens, der „ungeschminkten“ Aussprache, des ehrlichen Dialogs, der gerade hinter Gittern besonders wichtig ist, wo Gewissensnot, Schulderfahrung, Druck und existentielle Bedrängnis herrscht. Die Katholische Gefängnisseelsorge in Deutschland e.V. will Menschen von „draußen“ für die Problematik straffällig gewordener Menschen sensibilisieren.