Die Seelsorge in den Justizvollzugsanstalten wird auf Diözesan- und Bistumsebene geregelt. Vor Ort sind Regionalvorsitzende, Diözesanbeauftragte, SprecherInnen oder Dekane an der Schnittstelle zwischen MitarbeiterInnen, Bistum und dem Land tätig. In einigen Diözesen und Bistümern gibt es an den Ordinariaten und Generalvikariaten zuständige ReferentInnen für die Kategorial- und Gefängnisseelsorge oder der Pastoral in verschiedenen Lebensbereichen.

GefängnisseelsorgerInnen treffen sich regelmäßig in ihren Konferenzen auf der Landes- und Bistumsebene und in ökumenischen Zusammenkünften. Kontakt zu einzelnen GefängnisseelsorgerInnen kann über die jeweilige Justizvollzugsanstalt erfolgen. Regional werden unterschiedlichste Projekte und Initiativen seitens der katholischen und evangelischen Gefängnisseelsorge geplant und durchgeführt.